http://www.refdag.nl/kerkplein/kerknieu ... r_1_712179
Na Arminius’ overlijden in 1609 mengt Gomarus zich in de pamflettenstrijd die ontbrandt. De spanningen lopen nog hoger op als de curatoren de benoeming van Conrad Vorstius tot hoogleraar doorzetten, ondanks Gomarus’ waarschuwingen tegen diens dwalingen. Somber en teleurgesteld over alle ontwikkelingen in kerk en theologie besluit Gomarus te vertrekken als hoogleraar van de Leidse universiteit. Op 23 februari 1611 wordt hij beroepen tot predikant-hoogleraar van het Collegium Theologicum te Middelburg. In 1615 vertrekt hij naar de Academie van Saumur in Frankrijk. Tegenslag doet hem in 1618 besluiten alsnog in te gaan op een benoeming door de universiteit van Groningen.
De voorbereidingen voor de nationale synode van Dordrecht zijn dan in volle gang, en Gomarus wordt er direct bij betrokken. Met wisselend succes zet hij zich in voor verschillende zaken. Zo is hij tegen het opnemen van de apocriefe boeken in de Statenvertaling, wil hij dat God in de vertaling niet met ”du” maar met ”ghy” wordt aangesproken en wil hij de naam Jehova onveranderd in de Bijbeltekst laten staan. Hij pleit voor degelijk catechetisch onderwijs, zet zich in voor het dopen van geadopteerde heidenkinderen en wil dat aanstaande predikanten stevig onderzocht worden op hun kennis van Grieks en Hebreeuws.
De synode benoemt hem tot revisor van de vertaling van het Oude Testament. Later onderbreekt hij met het oog hierop ruim vijf jaar zijn werk aan de universiteit van Groningen.
Tijdens de synode verdedigt Gomarus zijn supralapsarische opvatting van de predestinatie (dat wil zeggen: God beschouwt de mens in het predestineren als nog niet in zonde gevallen). Hij moet er echter in berusten dat de synode –overigens zonder het object van predestinatie te definiëren– voor een infralapsarische verwoording kiest en de in zonde gevallen mens het ”object van predestinatie” noemt.